光緒八年，淡水知縣王彬林往台履任時，將呂祖分靈迎奉往台。初供奉於艋舺(今萬華)。其後，景美街許\多鄉民因傳染病而死，當地士紳乃將呂祖請到景美，傳染病漸漸平息，更有雙目失明而重見光明者，多年未有子息而求助呂祖後得子者，遂令前往頂禮膜拜的信眾日多。士紳們感念呂祖恩德，有地主捐出土地，乃於清光緒十六年在現址建指南宮。1920至1959年曾多次擴建。九一年開始，以不改變殿宇本貌的原則下，進行維時七年的重建本殿工程。
指南宮為儒道釋三教同體的宏偉叢林。從最早供奉呂祖的本殿外，陸續完成了大成殿、凌霄寶殿、大雄寶殿，還有尚未竣工的地藏王寶殿，可謂五殿同立。以道教為主體的純陽寶殿又稱本殿，奉祀呂純陽祖師，中懸著「天下第一靈山」的牌匾；凌霄寶殿內有三清殿、三官殿等奉祀玉皇上帝、三清道祖與三官大帝；大雄寶殿又稱佛祖殿，奉祀釋迦佛祖、阿彌陀佛、藥師佛與觀音菩薩，佛教為主體；指南宮後山的大成殿亦稱孔廟，為原來之清心閣所改建，奉祀至聖先師。各殿的設計建築，巍峨雄偉，壁畫石刻，雕樑畫楝，全是名家精心傑作，充分表現中國傳統的建築藝術風格。此外，還有奉祀土地公的福德祠，祠前有依地理風水而建的七星池，沿著池旁的石階往上走，可到指南宮迴廊，飽覽木柵觀光茶園的景色。
指南宮又名「仙公廟」，供奉孚祐帝君(呂洞賓)，位於政大後山約2公里猴山上。
建於清光緒16年，海拔285公尺，是道教的勝地，廟宇建築分正殿、淩霄寶殿、大雄寶殿、大成殿四部分。其特色規模宏偉莊嚴，雕繪精巧金碧輝煌，兼具文化與藝術價值。
淩霄寶殿供奉泰國贈予的釋迦牟尼佛像，寶殿左側視野遼闊。殿外白牆上有孔子和弟子周遊列國的浮雕，環繞一隻麒麟，象徵孔子的精神，就像鳳麟角般珍貴。因傳說附會的穿鑿；情侶不可同遊，恐怕遭忌他日被拆散，『祈夢室』吸引無數信眾夜宿祈願，但求指點迷津，在在都增添了指南宮不少神秘色彩！
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